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[软件使用] 网络图分析工具Cytoscape快速上手

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发表于 2022.6.2 09:31:17 | 显示全部楼层 |阅读模式
在上一篇文章《网络图分析工具Cytoscape及其插件的安装》中已为大家介绍过如何安装Cytoscape软件及其插件。在此基础上,接下来继续为大家介绍如何快速上手Cytoscape软件。

双击软件图标打开Cytoscape软件,初始的界面如下。点击Sample sessions中的网络图,可直接打开软件自带的7个范例网络图。


本文用到的范例数据来自《如何进行基因、蛋白互作网络分析?》一文的分析结果,如下表,数据表格至少需要前两列,分别对应Source节点和Target节点。


导入网络

对于自己构建的网络,比如蛋白互作网络,可以直接通过File/Import/Network from File导入到Cytoscape软件中进行可视化。


导入网络时,一般表格第1列的基因或蛋白对应Source,而第2列的基因或蛋白为Target,如下图。


当然,除了通过File菜单,也可以点击导入网络文件的快捷按钮,如下图,直接导入网络。


样式调整

导入网络后,在左侧style属性选项栏中,可对网络图的节点和边进行样式调整。比如,可以点击方形色块(对应 Def. 列方形按钮)修改节点(Node)的填充颜色,如下。


只需在弹出的颜色选择窗口中(如下图),指定自己喜欢的颜色即可。


同样的方法,点击Def. 列相应方形按钮也可以调整节点的大小(宽和高)、形状、透明度、文字标签等,如下图。


比如,我这里通过修改节点的宽、高和形状,将节点改为正圆形,效果如下。


当然,切换到网络图的边(Edge)属性选项窗口,同样的方法,我们也可以调整边(连线)的样式、粗细、颜色等。在Cytoscape软件中,网络图的点和边的每一个属性(如颜色、大小、粗细等)几乎都可以和数据建立映射关系,只需点击第2列的属性方形按钮(Map.)即可与Node或Edge表格中的某列数据建立对应关系。比如,这里将连线的粗细和combined score值进行关联,combined score值越大,连线越粗。


双击Current Mapping处的图表,可对数据和图形属性值(如颜色、大小、粗细等,这里以边的粗细为例)的对应关系进行自定义,具体设置方法参考下图。


点击Set Min and Max按钮,可设置映射数据范围,如下图,点击Add按钮可继续添加锚点,锚点位置的数据和对应图形的属性值可通过Handle Position和Edge Width设置。


此外,我们还可以通过Layout菜单对网络图的整体布局(Layout)进行调整,方法如下。


我们可以试试其他的布局,比如可以调整成常见的环形布局。


而在Filter选项中,还可以根据网络的拓扑性质(比如Degree值)对网络图的节点进行筛选。


在左侧Filter选项栏下方,选择Show,可以只展示符合条件节点的子网络,如下图。


导出数据

通过Tools菜单下的Analyze Network命令,如下图,可分析计算当前网路的拓扑性质,比如Betweenness Centrality、Closeness Centrality、Degree、Neighborhood Connectivity、Edge Betweenness等。


分析结果如下,计算结果会添加到相应的节点表格和边表格,我们可以将相应的表格进行导出。


当然,也可以将点的颜色和计算得到网络性质(如这里的Degree值)建立映射关系。


数值和颜色的映射关系设置相对较为简单,可理解成热图的颜色条,点击Current Palette后的配色名称,可切换成其他的配色方案(Palette),如下图。


调整满意后,通过File/Export/Network to Image命令,可将当前的网络以图片的形式(除了JPG、PNG格式的位图,也支持PDF、SVG格式的矢量图)进行导出。


最终导出的网络图如下:


好啦,本次分享就到这里啦!

本文作者:基迪奥-莫北

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顶!!!!!!!!!!!!!!
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迅猛龙

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顶!!!!!!!!!!!!!!!!
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