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[软件使用] 三元气泡(散点)图的绘制(三)

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    发表于 2019.4.15 10:30:51 | 显示全部楼层 |阅读模式
    在之前的《三元气泡(散点)图的绘制》《三元气泡(散点)图的绘制(二)》两篇文章中已经介绍过如何用Origin和R的ggtern包绘制类似下面这些高分文章中这样的三元图(Ternary plot)。



    (Cell host & microbe, 2015,IF=17.872)


    (Cell,2018,IF=31.398)

    (PNAS,2016,IF=9.504)

    如果觉得两个软件都比较难,也不要放弃,我这里为大家再推荐一个专门绘制三元图的在线小工具,用法非常简单!当然,如果想学Origin和R 语言,可以到OmicShare在线课堂观看视频教程(http://www.omicshare.com/class/)。3篇文章的三元图各不相同,你也可以发挥自己的想象力,利用自己手里的数据绘制更加个性化的三元图! 工具网址:https://www.ternaryplot.com/
    工具介绍

    工具的首页是下图这样的,你可以按F5刷新页面,在弹出的窗口中选择加载示例数据进行练习。



    自带的示例数据是三种类型土壤的比例,我这里将表格中的其余数据删掉,只保留1行数据(对应图表的1个点),如下图。表格的操作类似Excel,点表格下方的“+Plot Points”按钮即可完成作图。



    得到的结果如下,想了解点对应的数据,可将鼠标光标置于相应的点上,如下图。



    如何看懂三元图的结果呢?坐标轴方向与坐标轴的title对应起来就比较让人困惑,观察下图可以发现,轴标题和刻度标签倾斜角度相同则属于同一个坐标轴。不像ggtern的方向可设置两种方向,它只有1种方向(顺时针)。


    当然,如果数点比较多,刻度标签就失去了意义,上文提到的3篇文章的图都没有刻度和标签,这时只能宏观展示三个分组的比例。点靠近那个“角”(分组),表示该分组的比例较大,比如上图的数据,一个土样中三种类型土壤的比例中,clay(粘土)的占比稍微大一点点。

    图表绘制

    三元图除了表示一个(多个)样本(对应点)中3种组分的占比(如上图);反过来,也可以表示1种组分(多种)在3个样本中的占比。常见的是某种(多种)微生物在3个环境(样本)中的数量(丰度)比例。下面仍用《三元气泡(散点)图的绘制(二)》的示例数据做演示,绘制微生物组中常见的三元图。 将数据在Excel中整理好,直接粘贴到表格中即可,颜色(Color)仍用之前的颜色,不透明度(Opacity)值为0.7。至于,点的大小(Size)可适当把原数据整体放大,反复调整到合适为止。



    点表格下方的“+Plot Points”按钮即可完成作图,如果不满意,可Remove Points,调整数据后,重新绘制。得到的初始结果如下:



    若觉得这样的到的结果不够“集中”(数据的差异较大),我们也可以对相对丰度值(+1)做log2标准化之后再作图,得到下图这样的结果:



    这个工具还可以在图上添加辅助线和几何图形。以添加线为例,将默认的颜色设为红色,默认样式设为虚线,两个点为1组,用空行分隔,如下图。两点确定一条线段,多个点则连成折线。



    点“+Plot Lines”按钮可完成虚线的添加,如下图。至于添加“Areas”,可3个点为1组,方法相同,这里不做赘述。



    下面是每个参数的说明,了解默认的参数,对图表的调整很有帮助。比如,点的默认大小是70,输入Size列数据的时候你可以以此为参考对数据做整体调整。调整满意后点Download SVG,将图表保存为svg格式的矢量图。



    后期调整
    该工具有一个小小的缺憾是,它似乎并不能显示图例。这时候我们需要用Ai(Adobe illustrator)手工加上。当然这也很简单啦,方法如下图,我这里画几个相应分组颜色的矩形表示分组信息。



    最后,再加上文字,坐标轴标题旋转下角度(也可不旋转),带有图例的三元图就画好了。当然,如果你不会Ai,可以观看我之前的快速入门视频教程,链接http://www.omicshare.com/class/home/index/singlev?id=133



    你也可以不用Ai,把导出的svg图片导入到PPT中,同样的方法用PPT也可加上图例,最后导出成PDF就可以啦! 今天的内容就到这里啦~
    参考文献
    Duran P, Thiergart T,Garrido Oter R, et al. Microbial interkingdom interactions in roots promoteArabidopsis survival[J]. Cell, 2018, 175(4): 973-983. e14.Bulgarelli D, Garrido-Oter R, Münch P C,et al. Structure and function of the bacterial root microbiota in wild anddomesticated barley[J]. Cell host & microbe, 2015, 17(3): 392-403.
    Zgadzaj R, Garrido-OterR, Jensen D B, et al. Root nodule symbiosis in Lotus japonicus drives theestablishment of distinctive rhizosphere, root, and nodule bacterialcommunities[J]. Proceedings of the National Academy of Sciences, 2016, 113(49):E7996-E8005.

    本文作者:基迪奥莫北


                   

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