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[其他] 为什么二代测序需要考虑GC含量在35-65%

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草履虫

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发表于 2018.3.16 15:04:43 | 显示全部楼层 |阅读模式

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我是小白,请教论坛大神们,为什么二代测序要考虑GC含量再35-65%,求解答。
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中华鲟

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发表于 2018.3.16 15:19:58 | 显示全部楼层
当GC含量大于65%或小于35%时测序难度均会增加(使测序过程中出现偏向性, 导致某些区域的覆盖率太低,从而影响后续的拼接和注释),需要构建不同长度测序文库,并通过加大测序量才能够达到组装标准。 ——来自google
大!大!!大!!!
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帝王蝶

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发表于 2018.3.17 07:35:27 | 显示全部楼层
fzy 发表于 2018.3.16 15:19
当GC含量大于65%或小于35%时测序难度均会增加(使测序过程中出现偏向性, 导致某些区域的覆盖率太低,从而 ...

你俩的ID真有缘 哈哈

点评

感觉他俩是一伙的  发表于 2018.3.19 14:21
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管理员

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发表于 2018.3.19 10:34:50 | 显示全部楼层
我主要从PCR扩增的角度理解,PCR扩增对最终的测序结果有较大影响,一是在扩增的过程中可能存在偏向性,使得基因不能被均匀地测序,最终导致基因的覆盖度出现偏差;二是PCR反应在GC含量较高的区域容易出现问题,使得测序结果在这一区域产生空白,最终组装时也会将这一区域的两端识别为两个转录本。

三代测序不需要PCR扩增,也不需要考虑GC含量咯~~
新的一天加油!
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钵水母

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发表于 2018.4.12 21:15:14 | 显示全部楼层
三代测序是什么测序啊?
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中华鲟

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发表于 2019.10.30 20:09:30 | 显示全部楼层
优秀!
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中华鲟

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发表于 2019.11.27 08:34:21 | 显示全部楼层
支持楼主一下。
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功夫熊猫

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发表于 2021.1.9 10:38:52 | 显示全部楼层
新的一天加油!
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迅猛龙

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发表于 2022.4.13 09:35:42 | 显示全部楼层
新的一天加油!
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帝王蝶

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发表于 2022.4.28 10:18:38 | 显示全部楼层
技术影响,35-65才更准确
新的一天加油!
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钵水母

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发表于 2022.5.30 14:45:05 | 显示全部楼层
当GC含量大于65%或小于35%时测序难度均会增加(使测序过程中出现偏向性, 导致某些区域的覆盖率太低,从而影响后续的拼接和注释),需要构建不同长度测序文库,并通过加大测序量才能够达到组装标准。 ——来自google
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帝王蝶

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发表于 2022.7.21 10:07:09 | 显示全部楼层
新的一天加油!
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